Morro de São Paulo occupe la pointe nord de l’île de Tinharé, dans un archipel d’une vingtaine d’îles qui forme à lui seul la commune de Cairu, au sud de Salvador, sur la Costa do Dendê. Martim Afonso de Sousa aborde ces terres en 1531 ; la vila de Morro de São Paulo est établie en 1535 à l’extrémité septentrionale de l’île, et Cairu, détachée de la capitainerie d’Ilhéus, est érigée en vila par carta régia en 1608.
L’archipel commandait le canal de Tinharé, voie d’approvisionnement de Salvador, et l’entrée dite « barre fausse » de la baie de Todos os Santos. De là une longue série d’ouvrages : la forteresse de Morro, commencée en 1630 sur ordre du gouverneur général Diogo Luís de Oliveira, deux ans après le sac de l’île par l’amiral hollandais Piet Heyn ; le Forte da Ponta, achevé en 1728 ; la Fonte Grande en 1746 ; le phare en 1855.
L’aire de protection environnementale des îles de Tinharé et Boipeba, créée par décret de l’État de Bahia le 5 juin 1992, couvre 43 300 hectares entre l’embouchure du rio dos Patos et le canal de Taperoá : mangroves, récifs, restingas et vestiges de forêt atlantique. Il n’y a pas de routes, seulement des sentiers. La commune comptait 17 761 habitants en 2022, répartis entre Gamboa, Galeão, Garapuá, Velha Boipeba, Moreré et São Sebastião.