Au sud de l’île de Manhattan, la Compagnie néerlandaise des Indes occidentales fonde en 1624 un comptoir de traite baptisé Nieuw Amsterdam. En 1626, le gouverneur Peter Minuit acquiert l’île auprès des populations autochtones. En 1664, une flotte anglaise s’empare de la colonie sans combat : la ville prend le nom de New York, en hommage au duc d’York, futur Jacques II. Le port, tourné vers l’Atlantique, se hisse au rang des premières places commerciales du continent.
En 1811, le plan des commissaires impose au nord de la ville une trame régulière de douze avenues et de cent cinquante-cinq rues numérotées, relevée par l’arpenteur John Randel Jr. Cette grille orthogonale gouverne encore le tracé de Manhattan. En 1898, la consolidation réunit cinq arrondissements — Manhattan, Brooklyn, le Queens, le Bronx et Staten Island — au sein du Grand New York, portant la cité au rang de métropole de plusieurs millions d’habitants.
De 1892 à 1954, la station fédérale d’Ellis Island, dans la baie, filtre l’arrivée de plus de douze millions de migrants venus surtout d’Europe du Sud et de l’Est. L’Irlandaise Annie Moore y est enregistrée la première, le 1er janvier 1892. Fermé le 12 novembre 1954, le site rouvre en 1990 sous la forme d’un musée de l’immigration, rattaché au monument national de la Statue de la Liberté.